Online Lectures on Bioinformatics
Variants of the dynamic programming algorithm
Parametric Alignments
Wartość funkcji alignmentu jest liniowa, np. w przerwie obciążonej karą lub w przypadku wartości mismatch. W wykresie ‘alignment-wartość’ każdy alignment określa linię:
Rysunek: Parametryczny alignment (schemat)
Optymalny alignment dla przerw obciążonych karą zero dają gorsze założenie wzrostu przerw obciążonych karą. Dla pewnych takich przerw inne alignmenty muszą być preferowane. Dla kosztownych przerw obciążonych karą nie ma tu więcej przerw w optymalnym alignmencie i wartość alignmentu nie zależy już więcej od przerw obciążonych karą.
Odnośnie dwa różne parametry każdy alignment określa poziom. Teselacja parametru poziomu może być wyliczona i komórki teselacji są wypukłymi wielokątami.
Comments are very welcome.
luz@molgen.mpg.de