Online Lectures on Bioinformatics
Variants of the dynamic programming algorithm
Parametric Alignments
Wartoć funkcji alignmentu jest liniowa, np. w przerwie obcišżonej karš lub w przypadku wartoci mismatch. W wykresie alignment-wartoć każdy alignment okrela linię:
Rysunek: Parametryczny alignment (schemat)
Optymalny alignment dla przerw obcišżonych karš zero dajš gorsze założenie wzrostu przerw obcišżonych karš. Dla pewnych takich przerw inne alignmenty muszš być preferowane. Dla kosztownych przerw obcišżonych karš nie ma tu więcej przerw w optymalnym alignmencie i wartoć alignmentu nie zależy już więcej od przerw obcišżonych karš.
Odnonie dwa różne parametry każdy alignment okrela poziom. Teselacja parametru poziomu może być wyliczona i komórki teselacji sš wypukłymi wielokštami.
Comments are very welcome.
luz@molgen.mpg.de